Visi prodi Agroteknologi adalah “Terwujudnya prodi agroteknologi unggul dalam menghasilkan lulusan cerdas dan kompetitif, serta mengembangkan produksi tanaman lokal Papua yang berorientasi agribisnis”.

Misi Prodi Agroteknologi adalah :

1. Menyelenggarakan kegiatan akademik di bidang agroteknologi untuk menghasilkan sumber daya manusia yang mampu memanfaatkan ilmu dan teknologi pertanian yang berwawasan lingkungan.
2. Melaksanakan penelitian dan pengembangan ilmu dan teknologi budidaya tanaman pertanian terutama tanaman lokal Papua untuk meningkatkan nilai ekonominya.
3. Memberikan pelayanan kepada masyarakat terhadap pemecahan masalah-masalah yang berkaitan dengan teknologi budidaya tanaman dan pascapanen.
4. Menumbuhkan jiwa kewirausahaan menuju kemandirian.
5. Menciptakan suasana akademis yang menjunjung tinggi etika dan moral.